Varian Beta SARS-CoV-2
Varian Beta SARS-CoV-2, juga dikenal sebagai garis keturunan B.1.351 atau 501.V2, adalah varian dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19. Varian ini termasuk varian yang dianggap penting. Ia ditemukan pertama kali di Teluk Nelson Mandela,[2] Provinsi Eastern Cape, Afrika Selatan, pada Oktober 2020[3] dan dilaporkan oleh departemen kesehatan negara tersebut pada 18 Desember 2020.[4] Analisis filogeografi menunjukkan bahwa varian ini telah muncul di daerah Teluk Nelson Mandela sejak Juli atau Agustus 2020.[5]
![Negara-negara dengan kasus terkonfirmasi varian Beta per 25 Juni 2021[1] Legenda: 1.000+ kasus terkonfirmasi 250–999 kasus terkonfirmasi 100–249 kasus terkonfirmasi 10–99 kasus terkonfirmasi 2–9 kasus terkonfirmasi 1 kasus terkonfirmasi Tidak ada atau tiada data](/wiki/Berkas:501.V2_variant_countries.svg)
Legenda:
| Bagian dari seri artikel mengenai |
| Pandemi Covid-19 |
|---|
 |
|
 Portal COVID-19 |
Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melabeli varian ini sebagai varian Beta bukan untuk menggantikan nama ilmiah, melainkan sebagai nama yang dipakai secara umum di ruang publik.[6] WHO menganggapnya sebagai varian yang diwaspadai (variant of concern).[7]
Penemuan
suntingTim genomik yang dipimpin oleh KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP) di Universitas KwaZulu-Natal menemukan varian baru ini.[8] Varian ini ditemukan dengan pengurutan keseluruhan genom. Urutan genomik garis keturunan ini dikumpulkan ke pangkalan data urutan GISAID.[9]
Sifat
suntingGejala
suntingBagian ini kosong. Anda bisa membantu dengan melengkapinya. (Juli 2021) |
Transmisi
suntingPeneliti dan pihak berwenang melaporkan bahwa prevalensi varian ini lebih tinggi di antara orang muda dengan tanpa keadaan kesehatan tertentu dan sering menyebabkan penyakit serius dalam beberapa kasus dibandingkan varian lain.[10][11] Departemen Kesehatan Afrika Selatan juga menyatakan bahwa varian ini mungkin menjadi mendorong gelombang kedua pandemi di negaranya karena varian ini menyebar lebih cepat daripada varian lain sebelumnya.[4][10]
Genetika
sunting
| Gen | Nukleotida | Asam amino |
|---|---|---|
| ORF1ab | C1059T | T265I |
| G5230T | K1655N | |
| C8660T | H2799Y | |
| C8964T | S2900L | |
| A10323G | K3353R | |
| G13843T | D4527Y | |
| C14408T1 | P4715L1 | |
| C17999T | T5912I | |
| Bulir | C21614T | L18F |
| A21801C | D80A | |
| A22206G | D215G | |
| G22299T | R246I | |
| G22813T | K417N | |
| G23012A | E484K | |
| A23063T | N501Y | |
| A23403G1 | D614G1 | |
| G23664T | A701V | |
| ORF3a | G25563T | Q57H |
| C25904T | S171L | |
| E | C26456T | P71L |
| N | C28887T | T205I |
| Sumber: Tegally dkk. (2021),[5] Extended Data Fig. 5 | ||
| Catatan: N501Y berarti perubahan dari asparagina (N) menjadi tirosina (Y) pada posisi asam amino 501.[12] 1Muncul dalam induk garis keturunan B.1. | ||
Mutasi pada SARS-CoV-2 cukup sering: lebih dari empat ribu mutasi telah dideteksi hanya pada bulir proteinnya menurut Konsorsium Britania Raya untuk Genom COVID-19.[13]
Varian ini terdiri dari 31 mutasi: 19 mutasi tak bersinonim, 2 mutasi hapus, dan 10 mutasi bersinonim,[5] yaitu 21 mutasi yang mengubah protein dan 10 mutasi yang tidak berdampak.[14]
Ilmuwan mencatat bahwa varian ini bisa lebih mudah menempel pada sel manusia karena tiga mutasi dalam domain pengikat reseptor (RBD) pada bulir virus, yaitu N501Y,[4][15] K417N, dan E484K.[16][17] Dua di antaranya, E484K dan N501Y, ada dalam motif pengikat reseptor (RBM) dari domain pengikat reseptor (RBD).[5][18] Mutasi N501Y juga ada dalam varian Alpha dan Gamma.
Efikasi vaksin
suntingPerubahan asam amino E484K, sebuah mutasi domain pengikat reseptor (RBD), dilaporkan berhubungan dengan kaburnya dari antibodi penetral yang bisa berdampak buruk terhadap efikasi vaksin Covid-19 yang bergantung pada protein bulir.[19][20] Mutasi bulir E484K dikaitkan dengan kasus reinfeksi dengan varian Beta di Brazil yang diyakini para peneliti sebagai kasus reinfeksi pertama untuk varian ini.[21] Peluang perubahan dalam antigenisitas disebut sebagai "mutasi kabur" dari antibodi monoklonal yang mampu menetralkan protein bulir varian SARS-CoV-2.[22][23]
Statistik
sunting| Kasus menurut negara (Diperbarui per 21 Juli 2021) GISAID[24] | ||
|---|---|---|
| Negara | Kasus terkonfirmasi | Tanggal Koleksi |
| Angola | 401 | 22 April 2021 |
| Argentina | 1 | 24 April 2021 |
| Aruba | 4 | 10 April 2021 |
| Australia | 73 | 28 Juni 2021 |
| Austria | 260 | 8 Juni 2021 |
| Bahrain | 1 | 9 April 2021 |
| Bangladesh | 56 | 16 Juni 2021 |
| Belgia | 1.075 | 14 Juni 2021 |
| Bosnia dan Herzegovina | 1 | 11 Februari 2021 |
| Botswana | 342 | 27 Juni 2021 |
| Brasil | 6 | 5 April 2021 |
| Brunei | 1 | 20 Januari 2021 |
| Bulgaria | 2 | 9 Juni 2021 |
| Kamboja | 1 | 31 Mei 2021 |
| Kamerun | 9 | 1 Maret 2021 |
| Kanada | 860 | 21 Juni 2021 |
| Cile | 4 | 22 Mei 2021 |
| Cina | 89 | 4 Juni 2021 |
| Kolombia | 1 | 13 April 2021 |
| Kosta Rika | 12 | 4 Mei 2021 |
| Pantai Gading | 1 | 6 Maret 2021 |
| Kroasia | 41 | |
| Republik Ceko | 71 | 10 Juni 2021 |
| Republik Demokratik Kongo | 30 | 20 April 2021 |
| Denmark | 121 | 29 Juni 2021 |
| Djibouti | 22 | 9 April 2021 |
| Guinea Khatulistiwa | 43 | 1 April 2021 |
| Estonia | 37 | 23 April 2021 |
| Eswatini | 26 | 23 Maret 2021 |
| Finlandia | 1,123 | 21 Mei 2021 |
| Prancis | 2.149 | 23 Juni 2021 |
| Guyana Prancis | 2 | 7 April 2021 |
| Gabon | 4 | 21 Februari 2021 |
| Georgia | 1 | 23 Mei 2021 |
| Jerman | 2.231 | 19 Juni 2021 |
| Ghana | 17 | 8 April 2021 |
| Yunani | 19 | 29 April 2021 |
| Guadeloupe | 4 | 25 Mei 2021 |
| Guam | 3 | 28 April 2021 |
| Guinea Bissau | 1 | 1 Februari 2021 |
| India | 208 | 14 Juni 2021 |
| Indonesia | 10 | 2 Juni 2021 |
| Iran | 2 | 3 April 2021 |
| Irak | 1 | 26 Februari 2021 |
| Irlandia | 69 | 19 April 2021 |
| Israel | 240 | 28 Mei 2021 |
| Italia | 69 | 1 Juni 2021 |
| Jepang | 89 | 13 Juni 2021 |
| Yordania | 2 | 18 April 2021 |
| Kenya | 178 | 31 Mei 2021 |
| Kuwait | 1 | 21 Juni 2021 |
| Latvia | 9 | 13 Mei 2021 |
| Lesotho | 14 | 18 Januari 2021 |
| Lituania | 11 | 9 April 2021 |
| Luksemburg | 744 | 22 Mei 2021 |
| Malawi | 312 | 16 April 2021 |
| Malaysia | 161 | 10 Juni 2021 |
| Malta | 3 | 1 Juni 2021 |
| Martinik | 2 | 28 April 2021 |
| Mauritius | 7 | 12 Maret 2021 |
| Mayotte | 32 | 31 Januari 2021 |
| Meksiko | 20 | 16 Mei 2021 |
| Mozambik | 328 | 22 April 2021 |
| Namibia | 9 | |
| Belanda | 693 | 27 Mei 2021 |
| Selandia Baru | 31 | 25 Juni 2021 |
| Makedonia Utara | 1 | 10 Maret 2021 |
| Norwegia | 362 | 11 Juni 2021 |
| Pakistan | 35 | 5 Juni 2021 |
| Panama | 2 | 12 Januari 2021 |
| Filipina | 1,213 | 8 April 2021 |
| Polandia | 45 | 7 Juni 2021 |
| Portugal | 99 | 2 Juni 2021 |
| Qatar | 650 | 18 Mei 2021 |
| Reuni | 400 | 19 Juni 2021 |
| Rumania | 7 | 26 Mei 2021 |
| Rusia | 23 | 12 Juni 2021 |
| Rwanda | 39 | 15 Juni 2021 |
| Arab Saudi | 3 | 15 April 2021 |
| Singapura | 100 | 25 Juni 2021 |
| Sint Maarten | 1 | 24 Maret 2021 |
| Slovakia | 31 | 27 Mei 2021 |
| Slovenia | 31 | 6 April 2021 |
| Somalia | 1 | |
| Afrika Selatan | 6.154 | 21 Juni 2021 |
| Korea Selatan | 19 | 17 April 2021 |
| Sudan Selatan | 3 | 24 April 2021 |
| Spanyol | 588 | 18 Juni 2021 |
| Sri Lanka | 4 | 26 Maret 2021 |
| Suriname | 5 | 31 Maret 2021 |
| Swedia | 2,322 | 17 Juni 2021 |
| Swiss | 225 | 22 Juni 2021 |
| Taiwan | 3 | 26 April 2021 |
| Thailand | 40 | 25 Mei 2021 |
| Togo | 2 | 5 Februari 2021 |
| Tunisia | 1 | 24 April 2021 |
| Turki | 912 | 24 Mei 2021 |
| Uganda | 13 | 2 April 2021 |
| Uni Emirat Arab | 6 | 27 April 2021 |
| Britania Raya | 812 | 24 Juni 2021 |
| AS | 2.454 | 28 Juni 2021 |
| Zambia | 161 | 28 April 2021 |
| Zimbabwe | 331 | 26 Februari 2021 |
| Dunia (103 negara) | Jumlah: 28.380 | Total per 21 Juli 2021 |
Penyebaran
suntingBagian ini memerlukan pengembangan. Anda dapat membantu dengan mengembangkannya. (Juli 2021) |
Pada 23 Desember 2020, Menteri Kesehatan Britania Raya, Matt Hancock, mengumumkan bahwa dua orang yang berkunjung dari Afrika Selatan ke Britania Raya terinfeksi dengan varian Beta (varian 501.V2).[25]
Pada 3 Mei 2021, varian ini telah masuk ke Indonesia.[26] Per 4 Juli 2021, terdapat tujuh kasus di Indonesia yang terkena varian Beta.[27]
Lihat pula
sunting
Referensi
sunting- ^ Global Report B.1.351 (Laporan) (dalam bahasa Inggris). cov-lineages.org. 25 Juni 2021. Diakses tanggal 25 Juni 2021.
- ^ "SA reaches grim milestone of 1 million Covid-19 cases" (dalam bahasa Inggris). www.iol.co.za. 28 Desember 2020. Diakses tanggal 29 Desember 2020.
- ^ "Covid: South Africa passes one million infections as cases surge". BBC News (dalam bahasa Inggris). 28 Desember 2020. Diakses tanggal 29 Desember 2020.
- ^ a b c "South Africa announces a new coronavirus variant" (dalam bahasa Inggris). The New York Times. 18 Desember 2020. Diakses tanggal 20 December 2020.
N501Y...has been found in other countries, including Australia
- ^ a b c d Tegally, Houriiyah; et al. (9 Maret 2021). "Detection of a SARS-CoV-2 variant of concern in South Africa". Nature (dalam bahasa Inggris). 592: 438–443. doi:10.1038/s41586-021-03402-9
.
- ^ "Tracking SARS-CoV-2 variants". www.who.int (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 30 Juni 2021.
- ^ Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia (15 Juli 2021). "#MerdekaBelajar di Twitter". Twitter. Diakses tanggal 18 Juli 2021.
Varian tersebut terbagi atas dua kategori, yakni varian yang diperhatikan (variant of interest [VoI]) dan varian yang diwaspadai (variant of concern [VoC]).
- ^ "South African scientists who discovered new Covid-19 variant share what they know". www.theconversation.com (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 1 Maret 2021.
- ^ "Risk Assessment: Risk related to spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA". www.ecdc.europa.eu (dalam bahasa Inggris). 29 Desember 2020. Diakses tanggal 23 Januari 2021.
This variant was first observed in samples from October, and since then more than 300 cases with the 501.V2 variant have been confirmed by whole genome sequencing (WGS) in South Africa
- ^ a b Wroughton, Lesley; Bearak, Max (18 Desember 2020). "South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'". The Washington Post (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 20 Desember 2020.
- ^ Mkhize, Dr. Zwelini (18 Desember 2020). "Update on Covid-19 (18th December 2020)" (Siaran pers) (dalam bahasa Inggris). South Africa. COVID-19 South African Online Portal. Diakses tanggal 23 Desember 2020.
Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.
- ^ Untuk daftar simbol asam amino α yang dipakai dalam protein sesuai arahan RNA duta, lihat ini: "Nomenclature and Symbolism for Amino Acids and Peptides" (dalam bahasa Inggris). IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. 1983. Diarsipkan dari versi asli tanggal 9 Oktober 2008. Diakses tanggal 5 Maret 2018.
- ^ Wise, Jacqui (16 Desember 2020). "Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK". The BMJ (dalam bahasa Inggris). 371: m4857. doi:10.1136/bmj.m4857 . ISSN 1756-1833.
- ^ Rachmawati, Faidah; Urifah, Nurul; Wijayati, Ari (2009). Biologi untuk SMA/MA Kelas XII Program IPA. Jakarta: Pusat Perbukuan Departemen Pendidikan Nasional.
- ^ Abdool Karim, Salim (19 Desember 2020). "The 2nd Covid-19 wave in South Africa: Transmissibility & a 501.V2 variant". Scribd (dalam bahasa Inggris). CAPRISA. hlm. 11. Diakses tanggal 24 Desember 2020.
- ^ Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants (PDF) (dalam bahasa Inggris), World Health Organization, 22 Desember 2020, diakses tanggal 23 Desember 2020
- ^ Lowe, Derek (22 Desember 2020). "The New Mutations". In The Pipeline (dalam bahasa Inggris). American Association for the Advancement of Science. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2021-01-29. Diakses tanggal 23 Desember 2020.
I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role.
- ^ "Expert reaction to South African variant of SARS-CoV-2" (dalam bahasa Inggris). Science Media Centre. Diakses tanggal 26 Desember 2020.
- ^ "New virus mutation raises vaccine questions". France 24 (dalam bahasa Inggris). Paris. 13 Januari 2021. Diakses tanggal 13 Januari 2021.
- ^ Callaway, Ewen (7 Januari 2021). "Could new COVID variants undermine vaccines? Labs scramble to find out". Nature (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 17 Januari 2021.
Chief among those is another receptor-binding-domain mutation, called E484K, that de Oliveira’s team has identified in the 501Y.V2 variant.
- ^ "South African coronavirus variant detected in reinfection case in Brazil". Reuters (dalam bahasa Inggris). 8 Januari 2021. Diakses tanggal 11 Januari 2021.
- ^ Weisblum, Yiska; et al. (20 Oktober 2020). "Escape from neutralizing antibodies by SARS-CoV-2 spike protein variants". eLife (dalam bahasa Inggris). 9. doi:10.7554/eLife.61312 . PMC 7723407 .
- ^ "Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil" (PDF) (Siaran pers) (dalam bahasa Inggris). Jepang: NIID (National Institute of Infectious Diseases). 12 Januari 2021. Diakses tanggal 16 Januari 2021.
- ^ Kesalahan pengutipan: Tag
<ref>tidak sah; tidak ditemukan teks untuk ref bernamaCovLineages1Jul - ^ "Expert reaction to South African variant of SARS-CoV-2, as mentioned by Matt Hancock at the Downing Street press briefing" (dalam bahasa Inggris). Science Media Centre. 23 Desember 2020. Diakses tanggal 24 Desember 2020.
The South African variant ‘501.V2’ is characterised by N501Y, E484K and K417N mutations in the S protein – so it shares the N501Y mutation with the UK variant, but the other two mutations are not found in the UK variant. Similarly, the South African variant does not contain the 69-70del mutation that is found in the UK variant.
- ^ Nugraheny, Dian Erika (4 Mei 2021). Prabowo, Dani, ed. "Varian Virus Corona B.1.17, B.1.617, dan B.1.351 Telah Masuk ke Indonesia". Kompas.com. Diakses tanggal 29 Juni 2021.
- ^ Annur, Cindy Mutia (6 Juli 2021). Mutia, Annissa, ed. "463 Sekuens Varian Baru Terdeteksi di Indonesia, Muncul Kappa, Eta, lota". Databoks Katadata. Diakses tanggal 18 Juli 2021.
Pranala luar
sunting